Ông được mời tham dự hầu hết các hội nghị
quan trọng bàn mưu lược của bộ chỉ huy.
Năm Ất Tỵ (1425), vâng lệnh Lê Lợi, Trần Nguyên
Hãn cùng các tướng: Lê Nỗ, Lê Đa Bồ đem
1.000 quân đi đánh các thành Tân Bình và Thuận
Hóa.
Trên đường hành quân đến sông Bố Chính (Quảng Bình)
thì đụng phải đạo quân của tướng Minh là Nhậm
Năng.
Trần Nguyên Hãn đã lập mưu dùng kế mai phục,
nhử binh lực của địch vào khu vực Hà Khương
rồi bao vây tiêu diệt sạch.
Vốn là một nhà cầm quân sắc sảo, khả năng
phán đoán tình hình chính xác, biết quý trọng xương
máu của nghĩa quân,
chính vì vậy mà sau chiến thắng Hà Khương, Trần
Nguyên Hãn đã không cho phát triển tiến công tiếp
mà cấp báo về cho Lê Lợi xin thêm quân.
Sau khi được Bình Định Vương tăng viện, ông đã
chỉ huy nghĩa quân dốc sức đánh chiếm được hai
thành Tân Bình và Thuận Hóa,
thực hiện xuất sắc ý đồ mở rộng địa bàn
của Bộ chỉ huy khởi nghĩa Lam Sơn.
Tháng 9 năm Bính Ngọ (1426), Lê Lợi thân chinh
dẫn đại quân tiến ra vây hãm thành Đông Quan
- đại bản doanh của quân Minh.
Trần Nguyên Hãn cùng với Bùi Bị được Lê Lợi
tin tưởng giao chỉ huy đạo quân thủy với hơn
200 chiến thuyền từ cửa sông Hát xuôi xuống bến
Đông Bộ Đầu rồi tiến công thành Đông Quan từ
hướng Đông;